Vaincue il y a trois ans par Red, la Team Rocket est finalement de retour, pour vous jouer un mauvais tour (pathétique) sur la Région de Johto. Voyons ici quels seront vos principaux combats contre cette Team et ses nouveaux dirigeants.
Caïd Proton
Proton est le premier leader de la Team Rocket que vous aurez à affronter au cours de votre progression dans le jeu. La première fois que vous le rencontrez, Proton dirige l'attaque sur le Puit Ramaloss. Il se trouve au fond du puit, comme un rat crevé. Une fois vaincu, il s'enfuira, et vous aurez accès à l'Arène d'Ecorcia, vous pourrez dès lors commencer à donner vos Noigrumes à Fargas pour qu'il en fasse des Pokéball.
 Caid Rocket Proton
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 Nosferapti niv.8
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 Smogo niv.12
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Vous rencontrez également Proton lors de l'attaque de la Tour Radio par la team Rocket, bien plus tard dans le jeu. Il a cette fois-ci un peu progressé par rapport à votre première rencontre.
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Caid Rocket Proton
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 Nosferalto niv.28
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 Smogogo niv.33
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Caïd Lambda
Lambda est le deuxième Caïd que vous aurez à affronter au cours de ce jeu. C'est un expert en déguisement. La première fois que vous le rencontrerez, ce sera dans la planque de la Team Rocket à Acajou, peu après avoir combattu le Leviator Rouge. C'est un gros noob, pas de quoi s'inquiéter.
 Caïds Rocket lambda
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Nosferapti niv.22
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Smogo niv.22
| Rattatac niv.24 |
La deuxième fois que vous le rencontrerez, ce sera pendant l'attaque de la Tour Radio par la Team Rocket, vous le rencontrerez pendant votre dernière ascension pour libérer la Tour. Il se fera alors passer pour le Directeur de la tour Radio, une fois que vous intervenez, il ôte son déguisement et le combat commence.
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Caïds Rocket lambda
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Smogo niv.30
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Smogo niv.30
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Smogo niv.30
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Smogo niv.30
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Smogo niv.30
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Smogogo niv.32
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Caïd Arriana
Vous l'affrontez dans un premier temps dans la planque de la Team Rocket à Acajou, juste après avoir combattu Lambda. Elle vous combat en double avec un sbire de la Team Rocket, le combat n'est pas bien difficile étant donné que vous combattez avec Peter et son Dracolosse n°40.
 Caïd Rocket Arriana
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 Cornèbre niv.27
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 Arbok niv.25
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 Ortide niv.25
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Le deuxième combat qui vous oppose à elle a lieu dans la Tour Radio de Doublonville, vous l'affronterez juste après avoir combattu Proton, à un étage au dessus.
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Caïd Rocket Arianna
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Cornèbre niv.33
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Arbok niv.28
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 Rafflesia niv.28
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Caïd Archer
C'est en quelque sorte lui le grand chef de la Team Rocket en l'absence de Giovanni. Vous ne l'affronterez qu'une seule fois au cours du jeu. C'est le tout dernier combat face à la Team Rocket dans la Tour Radio de Doublonville, il se trouve dans l'observatoire de la Tour, au sommet, donc. Il n'est pas très difficile à vaincre en temps normal. Une fois que vous l'aurez battu, il se retirera en acceptant la défaite de la Team Rocket et mettra fin aux agissements de la Team Rocket définitivement.
 Caïd Rocket Archer
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 Malosse niv.35
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Smogogo niv.35
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 Demelosse niv.37
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