Le service en ligne du Nintendo eShop permet maintenant de mettre à jour des jeux, même si vous jouez sur cartouche. Quoi de mieux pour corriger des problèmes sur ces premières versions exclusives à la 3DS. Notez que ces mises à jour sont stockées sur votre carte SD, il est donc nécessaire d'avoir l'espace suffisant pour accueillir ces mises à jour.
| Mise à jour | Corrections | Nombre de blocs |
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| 1.1 | - Le bug empêchant le joueur de reprendre la partie après avoir sauvegardé à certains endroits de la ville d'Illumis a été corrigé. (Même si le joueur a déjà rencontré le problème ci-dessus, la mise à jour va rétablir le bon fonctionnement).
- Le bug causant des erreurs lorsque certaines fonctions de la GTS sont utilisées a été corrigé.
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| 1.2 | - Le bug empêchant le joueur de reprendre la partie après avoir sauvegardé à certains endroits de la ville d'Illumis a été corrigé. (Même si le joueur a déjà rencontré le problème ci-dessus, la mise à jour va rétablir le bon fonctionnement).
- Le bug causant des erreurs lorsque certaines fonctions de la GTS sont utilisées a été corrigé.
- Correction du bug empêchant l'apparition des capacités qu'un Pokémon apprend en évoluant avec l'échange miracle.
- Correction du bug empêchant certains utilisateurs de voir le texte de la vidéo promotionnelle à Illumis.
- Corrections mineures apportées à la méthode de connexion à Internet.
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| 1.3 | - Divers correctifs ont été effectués afin d'améliorer l'expérience de jeu.
- Méga-Latias et Méga-Latios ne sont plus jouables en ligne.
- Les animations de certaines Balls ont été modifiés.
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Par Megadrifter